Trước tiên, ngay từ tên gọi thì đã có thể thấy sự khác nhau cơ bản nhất nằm ở hộp số, một sử dụng hộp số sàn 5 cấp và phiên bản cao hơn sử dụng hộp số tự động vô cấp CVT. Tuy nhiên, Honda Việt Nam lại cho biết khả năng tiết kiệm nhiên liệu của bản CVT cao hơn khi chỉ cần 5,7 lít xăng để đi 100 km, trong khi đó bản MT cần 5,8 lít.
Ở ngoại hình, dễ dàng nhận thấy phiên bản MT không có hai đèn sương mù phía trước, đồng thời chỉ sử dụng mâm sắt 15 inch, còn bản CVT sử dụng mâm xe thể thao kích thước 16 inch.
Ngoài ra bản CVT còn được trang bị hệ thống cảm biến lùi có thể dễ dàng nhận thấy ở phía sau.
Bên trong nội thất, Honda City số sàn không được trang bị gương gập điện, không có xi-nhan trên gương, không có đèn sương mù, không có điều hòa cho hàng ghế sau. Chế độ lái ECON tiết kiệm nhiên liệu cũng không có trên hộp số sàn, cảm biến lùi cũng không xuất hiện.
Honda City số tự động CVT còn có một tính năng đáng giá khác là lẫy chuyển số trên vô lăng, giúp người lái dù sở hữu xe vô cấp nhưng vẫn có được tính năng lái thú vị.
Dự đoán, phiên bản số sàn của Honda City sẽ có rất ít người quan tâm, bởi chênh lệch chỉ có 47 triệu đồng mà thiếu đi hàng loạt tính năng giá trị.